No século XIX, após a instalação da Corte portuguesa no Rio de Janeiro, a Câmara Municipal passou a dividir suas atribuições com os intendentes gerais de Polícia. Essa mudança acarretou modificações na natureza e nas espécies documentais produzidas tanto pela Câmara quanto pela Intendência de Polícia. Contudo, toda a documentação continuou a ser guardada pelo Arquivo da Câmara.

Em 1825, foi inaugurado o primeiro Paço Municipal para sediar a Câmara Municipal, onde passou a funcionar, também, o seu Arquivo. Esse prédio localizava-se no campo da Aclamação, atual praça da República, entre as antigas ruas do Sabão e de São Pedro, extintas para a abertura da avenida Presidente Vargas. Demolido em 1856, em seu lugar foi construído um novo prédio, mais amplo, para melhor alojar os vereadores e repartições públicas da cidade.

Em 1882, foi finalmente inaugurado o segundo Paço Municipal, pelo imperador D. Pedro II e por outras autoridades, com grande solenidade. Nele voltaram a se instalar os vereadores e o arquivo da municipalidade.

No período republicano, após a promulgação, em 1892, da nova Lei Orgânica Municipal, que alterou a organização político-administrativa da cidade, separando os poderes Executivo e Legislativo, o Paço Municipal passou a sediar o Conselho de Intendentes (Poder Legislativo) e a Prefeitura da Cidade (Poder Executivo), até 1897, quando o Conselho de Intendentes foi transferido para o prédio da antiga Escola São José, no largo da Mãe do Bispo, atual praça Floriano. Entretanto, desde 1892, o Arquivo da Câmara tinha sido transferido para o âmbito do Poder Executivo municipal, continuando a funcionar nas dependências do Paço, integrando uma das suas Diretorias.

A partir do Decreto nº 44, de 5 de agosto de 1893, sua denominação foi alterada para Arquivo Geral da Prefeitura do Distrito Federal, assumindo a competência de gerir e preservar a documentação produzida e acumulada pelos diversos órgãos e repartições do Executivo municipal. Mas, logo a seguir, o Arquivo foi rebaixado na escala administrativa, permanecendo em situação de subordinação, fato que o impediu de cumprir eficazmente suas atribuições. Daí em diante, passou por sucessivas mudanças de denominação, de subordinação e de localização, funcionando, muitas vezes precariamente, em instalações inadequadas.